本发明属于光纤测试技术领域，并具体公开了一种评估大模场光纤纤芯折射率波动的系统及方法。所述系统包括超连续谱光源、光隔离器、单模光纤分束器以及光谱仪，光隔离器设于超连续谱光源的输出端；单模光纤分束器的第一输入端与光隔离器的输出端熔接，其第二输出端与待测大模场光纤的第二端偏心熔接，使得相同的脉冲光同时在待测光纤纤芯径向的不同位置传输，光谱仪与单模光纤分束器的第三输出端连接。所述方法包括，在待测大模场光纤的两端，不同的纤芯位置注入超连续谱光，使得相同的脉冲光同时在待测光纤纤芯径向的不同位置传输，最后同时汇入到单模光纤分束器中。本发明能够快速评估大模场光纤纤芯折射率的波动，从而对光纤进行快速筛选。