本发明公开了一种基于电子舌快速判别畜禽骨胶原蛋白肽物种来源的方法，包括以下步骤：1)取不同物种的畜禽骨胶原蛋白肽样品与待测畜禽骨胶原蛋白肽样品，经预处理后得到不同物种畜禽骨胶原蛋白肽的标品液与待测液；2)将标品液与待测液分别用电子舌检测系统检测，获得不同物种畜禽骨胶原蛋白肽的标品液与待测液的传感器响应值，分别为标品集数据与待测集数据；3)以标品集数据与待测集数据通过PCA分析和/或DFA分析判断，和/或通过标品集数据建立Fisher判别模型，再将待测集数据代入Fisher判别模型判断待测液对应的畜禽骨胶原蛋白肽的物种来源。本发明的方法样品前处理简单易实施、检测时间短，判别准确率高。