本发明公开了一种基于多重不确定性的多站融合综合能源系统多目标优化方法、存储介质及优化系统，建立多站融合综合能源系统模型；分析多站融合综合能源系统模型的多重不确定性，包括新能源站的预测误差不确定性和充电站的预测误差不确定性；设定多目标优化模型，根据各子站日运行总成本建立成本优化模型，根据充电站和新能源站运行波动性建立风险优化模型；对多目标优化模型进行求解。建立计及新能源和电动汽车不确定性和波动性的多站融合综合能源系统优化运行模型，提高综合能源系统协调优化运行能力，提高了多重不确定性影响融合站系统经济性，同时考虑系统中存在的风险因素，提高了系统的稳定性和安全性。