本发明涉及高分子复合材料技术领域，公开一种高电导率的柔性聚酰亚胺复合薄膜及其制备方法，包括如下步骤：制备PI@rGO微球和聚酰胺酸盐；向聚酰胺酸盐的水溶液中加入导电纳米填料、PI@rGO微球和分散剂，超声分散得到混合溶液，混合溶液流延成膜、热亚胺化制备所述柔性聚酰亚胺复合薄膜，通过PI@rGO微球与水性PAAS混合，避免了PI@rGO微球的核壳结构被有机溶剂破坏，在聚酰亚胺与导电纳米填料中构建三维有序的导电网络结构，并利用水性PAAS的缠结桥联作用防止薄膜出现裂纹，制备得到表面规整、韧性良好的复合薄膜。