本发明公开了用于肝癌早期诊断的组合标志物及其应用。本发明公开的用于肝癌早期诊断的组合标志物为FAM78A、MKL1、DCDC2、SR、BCL2L11、CYP1B1、PTPN7、AXIN1、SEMA4D、PROX1、SHH、AK055957、DAB2IP、TBX15、GRASP、PPFIA1和/或PSD4的甲基化，以及TERT和/或CTNNB1的突变。本发明通过检测血浆cfDNA中的基因组合的甲基化水平，进行肝癌检测，具有高度敏感性和特异性；在加入基因的突变检测的情况下，通过同时检测基因组合的甲基化和TERT基因、CTNNB1基因突变，有效提高早筛敏感性。