本发明公开了一种珊瑚礁区长棘海星幼虫分子监测方法。该监测方法包括以下步骤：1)标准参照长棘海星幼虫DNA模板制作；2)珊瑚礁区浮游动物物样品的过滤收集；3)珊瑚礁区收集浮游动物样品DNA的提取；4)浮游动物样品PCR扩增及检测。PCR检测中采用了一对长棘海星PCR检测的的特异引物。正向引物：AcanP‑TF:GCACGATTTGTCTCTGCCAA；反向引物：AcanP‑TR:AGTCCTTCTCTCGCCAGGT。如果在785bp处有目的条带为长棘海星幼虫阳性，如果没有则阴性。通过本发明的方法可以对长棘海星幼虫进行监测，可以提前对长棘海星种群爆发的风险进行预警，从而达到更早期、及时防控的目的。