本发明适用于数据处理技术领域，提供了一种自然人数据库隐私安全保护方法、装置和终端设备，所述方法应用于包括数据中心、接入方和终端设备的系统中，包括：数据中心通过与终端设备协商生成临时的会话密钥来安全获取针对自然人在使用终端设备时产生的实时数据，所述实时数据由所述终端设备利用所述会话密钥进行加密后经由接入方上传至数据中心；当需要使用所述数据中心的实时数据时，基于零信任安全体系控制对所述实时数据的访问权限，并至少利用数据脱敏算法和/或同态加密算法对所述实时数据中的自然人隐私信息进行加密。本发明可以有效保证在使用数据的任何环节，数据中关于自然人的隐私信息不至于被泄露。