本公开提出了基于相似显著性的分类数据多视图可视化着色方法及系统，包括：接收分类数据；将所述分类数据投影到可视空间，获取所述分类数据的位置信息；基于所述位置信息度量每类数据之间的分离度，基于相似性度量计算同一类在不同分类数据上的变化信息；重新组合调色板或从离散化的颜色空间中随机选择多个颜色作为初始解，结合类之间的分离度和变化信息，基于模拟退火算法寻找近似最优解，生成调色板；基于最优的调色板渲染分类数据。采用模拟退火算法，能够快速的对给定调色板重新分配或直接生成调色板，同时考虑数据内分布和数据间变化，结合颜色差异度量，提高发生变化区域的相似显著性，并保持类内区分度，提升了可视分析的效率。