本申请公开了一种基于频率测量的差分DFT幅值修正算法，包括：用于采用差分DFT算法的嵌入式继电保护装置，包括：建立实部补偿系数、虚部补偿系数与待修正信号实、虚部之间的关系式；待修正信号频率范围内，用工频与测量频率的频差对补偿系数进行拟合；测量当前电网频率，利用拟合关系式计算当前电网频率的补偿系数；获取待修正信号，按照差分DFT算法计算当前采样点数据窗内的信号实部、虚部；对实部、虚部进行修正，得出修正后的模拟量信号幅值。本发明不增加采样率，不增加运算负担，可以提高差分DFT算法在非工频状态下的幅值计算精度，进而提高嵌入式继电保护装置的动作特性。