本发明公开了一种生态空间集约利用优化方法及系统，该方法包括：S1：根据多年生态系统服务功能综合值及其变化特征，动态获取生态空间；S2：根据各单项生态系统服务功能值，识别生态空间主导生态系统服务功能；模拟基期年至目标年生态空间主导生态系统服务功能格局，进行主导生态系统服务功能演变分析；S3：采用LP‑Markov‑CA复合模型，进行目标年主导生态系统服务功能数量结构和空间布局的耦合优化，实现生态空间主导生态系统服务功能的集约利用优化。本发明实现了生态空间数量结构、空间布局与服务功能的协同优化，成功获取了生态系统服务功能最大的生态空间集约利用布局，为国土空间集约利用优化配置提供了新方法。