本发明实施例提供一种石膏脱水脱硫废水联控方法和一种石膏脱水脱硫废水联控系统，属于火电机组技术领域。所述方法包括：获取所述脱硫系统的实时运行参数；根据所述脱硫系统的实时运行参数构建脱硫系统实时运行工况，并根据所述脱硫系统实时运行工况预测固定时间段后的脱硫系统运行工况；对脱硫系统的预测运行工况与脱硫系统的预设标准运行工况进行对比，若两者差值大于预设阈值，对脱硫系统的预测运行工况进行修正，并根据修正结果获得脱硫系统的调整方案；根据脱硫系统的调整方案对脱硫系统中的各个调控单元进行调整。本发明方案实现了脱硫系统石膏脱水和脱硫废水全程联动寻优控制，提高了系统的智能性，减少了系统能源浪费。