本发明涉及基于包埋法的MBR深度脱氮一体化装置，包括进水模块和主模块；进水模块包括进水箱、提升泵和碳源投加装置，进水模块入口连接碳源投加装置，进水模块出口连接至提升泵入口；主模块包括缺氧池、好氧池、MBR池、除磷剂投加装置、絮凝池、沉淀池和清水池；提升泵出口连接至缺氧池入口，缺氧池出口连接至好氧池入口，好氧池内装填MBS包埋菌，好氧池连接曝气风机，好氧池回流出口通过回流泵连接至缺氧池回流入口。本发明的有益效果是：本发明将填装MBS包埋菌的好氧化池与MBR池相结合，充分发挥包埋法与MBR两者优越性、处理效率高；通过除磷剂投加装置在絮凝池入口投加除磷剂，提高固液分离效果。