本发明公开了一种柔性直流配电网的纵联保护方法及系统，包括：分别采集线路两侧的电流信号和正负极电压信号，并分解至子频带空间，以获取低频电流信号和低频电压信号；根据低频电流信号和低频电压信号计算线路发生故障后的第一低频故障电流秩相关系数、第二低频故障电流秩相关系数、正极低频故障电压秩相关系数和负极低频故障电压秩相关系数；根据所述第一低频故障电流秩相关系数和第二低频故障电流秩相关系数确定第一状态值和第二状态值，并根据第一状态值和第二状态值的乘积确定线路的区内外故障类型；当为区内故障时，确定第三状态值和第四状态值，并根据第三状态值和第四状态值的和确定线路的故障极，并进行相应的线路保护动作。