本发明公开了一种基于建筑物热能流的楼宇侧综合能源系统优化调度方法，该方法包括如下步骤：搭建基于建筑物热能流分析的建筑物热负荷模型；根据建筑物的热负荷模型，建立以楼宇侧综合能源系统的总体能效最大和用能成本最小为目标的多目标优化模型；以上层为总体能效最大、下层为运行成本最小，采用双层优化求解该多目标优化模型，得到优化结果；根据优化结果调度运行楼宇侧综合能源系统。本发明的方法基于建筑物热能流建立了建筑物的热负荷模型，可以更加精准地描述建筑物本身的物理层面的用能耗能模型，设置上层与下层两层目标，考虑全面，优化结果更加精准，且求解方法占用内存少，消耗时间短，更加客观高效。