本发明提供一种河道内水草影响电站发电的风险预警方法及系统，能够实现电站水草危害的动态预警和提前处理。风险预警方法括：步骤1.确定影响电站发电水草的主要种类；步骤2.展开植被调查与监测，为遥感解译区域植被分布提供地面参照，通过监督分类方法得到电站上游流域影响电站发电水草的时空分布；步骤3.进行特征水草的植被生理特性实验，确定引起植被脱离河床的水文条件阈值；步骤4.收集研究区域的水文、地形及气象基本数据，建立研究区域二维浅水动力学及对流扩散耦合模型；步骤5.预测不同水文条件下河道内输移水草的潜在数量及运动轨迹，根据计算结果动态评估电站进水口堵塞风险，当风险超过预警值时发出预警。