本发明公开了一种FPGA配置FLASH芯片抗单粒子翻转电路，包括配置管控FPGA芯片、超大规模FPGA芯片、主配置FLASH芯片、副配置FLASH芯片、供电芯片、第一接口和地测设备配置电路；所述超大规模FPGA芯片、主配置FLASH芯片和所述副配置FLASH芯片分别与所述配置管控FPGA芯片连接；所述配置管控FPGA芯片的使能端与所述供电芯片连接，所述供电芯片与所述副配置FLASH芯片连接；所述配置管控FPGA芯片通过所述第一接口与所述地测设备配置电路连接。相应地，本发明还公开了一种FPGA配置FLASH芯片抗单粒子翻转方法。本发明实现对超大规模FPGA配置FLASH芯片的电路降低失效率，提升可靠性。