本发明公开了差动保护系统技术领域的一种配电网分布式差动保护系统，在配电网的各区域电网节点处均设置有能够断开故障电流的断路器，该系统包括分布式保护测控装置、通讯中转机和监控主站，所述分布式保护测控装置包括若干个设置在配电网各断路器处的差动保护装置，本发明在配电网内分布式布置了若干个保护测控装置，若干个保护测控装置分别通过有线或无线方式实现数据互联，通过远程调度主机控制所有保护测控装置具有完全一样的动作行为，在差动保护区域内故障时同时通过保护测控装置控制各自对应断路器跳闸动作，本发明通过设置的差动CPU模块、零序CPU模块和距离CPU模块共同对电气量进行计算判断，及时作出准确动作或不动作的判别。