本发明公开了一种连翘种子的栽培方法，属于中药材栽培技术领域。所述方法包括：将长花柱连翘种子和短花柱连翘种子用水浸泡后使之萌芽，随后种植于大田中，待生长开花后，选择扦插枝条进行扦插培育获得连翘幼苗；挖坑种植所述连翘幼苗，每坑种植1株长花柱的连翘与1株短花柱的连翘，通过后期修剪枝条，使二者枝条相互交错形成灌木树冠，通过异花授粉促进座果。所述栽培方法可以提高连翘的座果率，使之达到30‑40％，且种子籽粒饱满、粒大且重。本发明解决了现有技术种植连翘产量不高的问题，具有良好的生产应用前景，适宜推广应用。