本发明提供基于河湖底泥与磷矿固废的客土土层结构及制备方法。土层结构由上到下依次为客土表层、中间透水层和客土基层，每层客土土层结构之间的接触面均为锯齿状过渡结构；本发明利用磷渣、磷石膏、钢渣等工业固废对河湖清淤底泥进行改性与改良用作植被混凝土客土，客土的酸碱性满足植被生长需求且可为植被提供持续营养供给，具有原料易得、工艺简单、经济性优且生态环保等技术优势，还可有效解决现阶段植被混凝土客土成本高、固废堆弃对环境的二次污染等技术问题，特别适用于有河湖整治及工业固废处置需求的城镇地区。