本发明涉及一种基于双层连续管双梯度钻井系统的井筒流动控制方法，包括如下步骤：1)使钻井液通过深水钻井平台的钻井泵由双层连续管的环空进入井下举升泵中，经流道转换接头后进入双层连续管的内管，经井下工具组合的内管后通过钻头水眼进入井底，并在进入井底的过程中形成压力平衡；其中，井下工具组合的马达通过钻井液水力驱动，将水力能转化为机械能为井下举升泵和钻头旋转提供动力；2)钻井液从返回孔进入井下工具组合的环空，经流道转换接头进入双层连续管的内管，通过井下举升泵返回平台，并在返回的过程中形成压力平衡。本发明能够提高作业效率，减少井下复杂情况的发生，保障作业安全和降低作业成本。