本申请公开了一种基于无人机的畜禽养殖污染源监测系统，属于无人机污染监测领域。系统包括：红外线探测模块、雷达探测模块、音频识别模块、图像识别模块、无线传输模块、处理模块以及污染源识别模块。污染源识别模块通过利用红外线探测模块得到的红外热成像图所得出的信息、利用雷达探测模块得到的微分电路信号所得出的信息、利用音频识别模块得到的声波信号所得出的信息以及利用图像识别模块得到的图像识别信息所得出的信息通过污染源识别处理准确区分不同畜禽种类的养殖污染源，从而使得畜禽养殖污染源调查工作更加高效和准确。