本发明涉及一种防护装置、其制造方法及驱逐微生物的方法，所述防护装置用于盖设在光学窗口上，防护装置包括玻璃基材、第一功能层及第二功能层，其中，高透光的玻璃基材用于支撑第一功能层及第二功能层；第一功能层均匀涂覆在玻璃基材表面，第一功能层为高透光材料；第二功能层设置在第一功能层远离玻璃基材的表面，第二功能层或第一功能层用于接收来自光学窗口的激发信号，并在接收到激发信号后，第一功能层和/或第二功能层驱逐附着的微生物；本发明还提供了一种防护装置的制造方法及利用该防护装置的一种驱逐微生物的方法；本发明提供的技术方案能够实现对海洋中光学窗口表面的微生物的有效主动驱逐，并且提供了多种不同思路的防护机制。