本发明公开了一种保障多能互补微网分层协同调控系统及其调控方法，包括能源优化互补系统，所述能源优化互补系统通过无线与微网能源管理系统实现双向连接，且微网运行系统通过无线与微网能源管理系统实现双向连接，所述能源优化互补系统包括能源管理中心，且能源管理中心的输出端通过导线与存储单元的输入端电性连接，本发明涉及微网技术领域。该保障多能互补微网分层协同调控系统及其调控方法，通过对再生能源站内部的发电情况进行监测，且综合计算可靠性和性能指标做出评估以及对未来发电情况进行分析优化，在此基础上实现了微网的协同调控技术，通过微网能源管理系统下发控制指令，控制微网中可再生能源的自治调度。