本发明涉及一种风光储氢综合能源直流微网运行控制方法，包括如下步骤：步骤1、通过计算从多个储能单元的优先权值选取多个符合预定条件的组网电源；步骤2、储能单元协调控制，使得各储能单元按照功率数值进行充电或放电；步骤3、根据直流母线电压的数值，进行系统运行模式切换。本发明的方法，协调直流母线接入的多个储能单元，在离网模式下针对不同直流母线电压有针对性地制定储能单元的控制指令，借助多个储能单元之间的有效管控，进而保障不同运行工况下的系统稳定运行。