本申请公开了一种基于以太网传输的配电网时钟同步系统及方法，系统包括：B码主时钟的输出端与主时钟交换机的输入端连接；主时钟交换机的第一输出端与第一站域式保护装置相连；主时钟交换机的第二输出端与一个从时钟交换机的输入端相连，用于通过以太网通信方式进行时钟同步；从时钟交换机的第一输出端与第二站域式保护装置相连；从时钟交换机的第二输出端与另一个从时钟交换机的输入端相连，用于通过以太网通信方式进行时钟同步；最后一个从时钟交换机与主时钟交换机相连形成交换机环网，用于时钟对时。本申请能够解决现有B码时钟同步技术主要为点对点传输，导致时钟同步范围受限，且影响系统布局成本的技术问题。