本发明公开了一种检测细菌在紫萍中定殖能力的方法，包括以下步骤：将待检测的细菌与无菌紫萍于1/2SH培养液中共培养，获得接菌紫萍；对接菌紫萍进行清洗；提取紫萍DNA，进行PCR扩增。本发明的检测细菌在紫萍中定殖能力的方法是基于紫萍“水生模式植物”的功能研究体系，实现外源细菌定殖能力快速检测的目的，有助于定殖能力强的促生菌的快速筛选，对开发高效的微生物菌剂、水质的有效净化和水污染治理都具有重要意义，使农田和城市水环境保持绿色可持续发展。