本发明公开的是水体污染治理技术领域的一种适用于河湖水体环境治理的水生生态防护结构及施工方法，包括设置在河道岸坡上的配水渠以及河道底部的防护层，所述配水渠由砖体砌筑而成，并沿河道边坡布置，配水渠靠近河道的一侧设有放水口，所述防护层包括从下往上依次铺设的防渗层、填料层和覆盖层。通过沿河道边坡设置一条配水渠，并对河道进行防渗和生态化处理，可人工控制河湖水体深度，在采取部分生态化工程措施同时且能结合植物措施，不仅可以护岸护坡，防渗和减少水土流失，还可以利用植物生长去除水体中N、P等有害物质，通过生物治理措施净化水质，消除污染，有利于河湖水环境的生态重塑，为河流生物多样性创造良好的生存环境。