本发明提供了一种控制电源系统的故障预警方法。该方法包括：采集控制电源系统的输出电压纹波数据；分析采集的历史电压纹波数据，预测当前开关周期内的开关脉冲；根据所述当前开关周期的开关脉冲与当前开关周期实际采集的电压纹波数据，判断所述开关管是否发生故障，并确定故障类型。本发明方法采用预测开关脉冲的方式，在不入侵控制电源设备内部的情况下实现其开关管的故障预警，对电源系统影响小，实用性强；采用检测输出电压方式，信号采集量少，便于实现；采用本方法，在开关管发生故障后一个开关周期内即可检测到故障，故障检测效率高。