本发明公开了基于负荷率的深度调峰费用分摊计算方法和系统。首先计算各交易时间段的深度调峰总费用；引入各类型电源的容量加权系数，计算各交易时间段的全网各类型电源的加权平均负荷率；计算各交易时间段各个机组或新能源厂站的加权负荷率；引入各类型电源的基础分摊系数和惩罚分摊系数，结合系统加权平均负荷率计算各交易时段各个机组或新能源厂站的分摊因子，再由分摊因子计算得出分摊系数，最终得到分摊费用。本发明充分了考虑不同类型电源的运行要求，既兼顾对各类电源负荷率的考核又能体现上网电量大小对深度调峰费用分摊的影响，提高了深度调峰费用分摊的合理性，具有很强的实用性。