本发明公开了一种基于综合阻抗的光伏发电并网联络线纵联保护方法及系统，方法包括：在启动元件动作后，基于纵联保护装置分别提取光伏发电并网联络线两侧的三相电压采样值和电流采样值，通过快速傅里叶算法分别提取三相电压工频相量和三相电流工频相量，并按相计算差动电压相量和差动电流相量；基于差动电压相量和差动电流相量，计算并网联络线中的三相综合阻抗，并分别取其虚部绝对值；将三相综合阻抗的虚部绝对值分别与保护整定门槛值作比较；基于比较结果执行相对应的保护动作。实现了能够在不受光伏逆变控制策略影响下，进行判别区内外故障，具有较强的抗过渡电阻能力，可靠性和灵敏性高。