本申请提供了一种含混合储能的综合能源系统运行控制方法，涉及涉及能源调度技术领域。从储能装置的实际运行情况出发，构建包含分布式储能装置、分布式能源发生装置以及能量转换装置的预设含混合储能的综合能源系统，该预设含混合储能的综合能源系统可以是虚拟发电厂，对虚拟发电厂内的各个设备进行详细的独立建模，并针对混合储能的综合能源虚拟电厂，综合考虑能量平衡约束、混合储能约束、设备运行约束以及能量传输网络约束，最后以收益最大和能量损耗最小为目标函数，建立混合储能的综合能源虚拟电厂的优化调度模型，得出分布式储能装置中各个设备的电能转化量，以通过储能装置的电能转化补偿分布式能源的随机波动性、间歇性。