本发明公开了一种移动CT智能扫描定位系统、定位方法和存储介质，系统包括图像采集模块、距离检测模块、几何标定模块、智能分析模块、运动控制模块和投影模块，几何标定模块用于计算投影模块、图像采集模块和移动CT机的坐标变换关系；智能分析模块用于对图像采集模块获得的图像进行智能分析，获取人体模板部位区域和人体中心线信息；投影模块用于根据待扫描区域信息，在病床上投影出待扫描区域轮廓和辅助定位线。本发明通过辅助视觉实现扫描区域定位，用于指导操作人员移动检查床对准扫描机架，或者引导扫描机架对准检查床，完成摆位，无需扫描定位像，便能快速对目标扫描区域进行扫描获得CT图像，省去了扫描定位像的时间和电能消耗。