本发明涉及基因工程和猪抗病遗传育种领域，提供了一种与仔猪细菌性腹泻相关的lncRNA ALDB‑898序列及其应用，所述的lncRNA ALDB‑898的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明提供了所述lncRNA ALDB‑898的荧光定量PCR检测引物对，如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示），并通过PCR证实lncRNA ALDB‑898的客观存在，且在C型产气荚膜梭菌感染的仔猪回肠和CPB2毒素处理的肠上皮细胞（IPEC‑J2）中均显著下调。本发明构建了lncRNA ALDB‑898过表达载体，并发现超表达lncRNA ALDB‑898可以显著抑制CPB2毒素诱导的IPEC‑J2细胞毒性及炎症，为仔猪细菌性腹泻新型防控药物研发提供了设计靶点，并为仔猪C型产气荚膜梭菌的抗病育种奠定了技术基础。