本发明公开了一种用于小直径深井基岩段扫孔纠偏的施工方法，包括以下步骤：S1：拆下原钻头并在钻具上安装扫孔纠偏钻头，扫孔纠偏钻头中的扫孔刀头的轴线与刀盘轴线的夹角为35°～40°；S2：将扫孔纠偏钻头放入孔内并回转下放，当下放扫孔纠偏钻头至孔壁发生偏斜的位置上方20～30m处后，提高扫孔纠偏钻头的回转速度进行纠偏扫孔钻进作业；S3：扫孔刀头接触偏斜孔壁后，采取减压钻进方法，切削钻除偏斜孔壁的岩层；S4：对偏斜位置采用上下反复扫孔方法钻进，直至钻孔垂直度满足设计要求。本发明扫孔钻进时纠偏效果好、效率高，且扫孔过程中不容易卡钻，保证成孔质量。