本发明公开了一种轨道几何检测系统的动态校准方法及装置，该方法包括：获取轨道几何不平顺静态参数；获取轨道几何形位变化数据；所述轨道几何形位变化数据用于描述检测车经过所述轨道几何不平顺位置时钢轨的动静态差异变化，所述检测车搭载轨道几何检测系统；根据轨道几何不平顺静态参数和轨道几何形位变化数据，对轨道几何检测系统进行动态校准。本发明可实现对轨道几何检测系统的动态校准，解决了现有技术下难以在真实线路运行状态下对轨道几何检测系统的精度进行校准评价的问题，提高了轨道几何动态检测结果的可靠性、准确性，建立轨道几何检测系统的溯源关系，从而实现了对轨道几何检测系统的动态校准的目的。