本发明属于生态环境监测技术领域，尤其涉及一种着生藻自动采集与处理装置，包括采样支架，所述采样支架内侧从上至下依次设置有采样容器、过滤容器和加药容器，所述采样容器内侧底部通过第一导管与所述过滤容器内侧顶部连通，所述过滤容器内侧底部通过第二导管与所述加药容器内侧顶部连通，所述采样支架侧壁上固定连接有药剂注射器，所述药剂注射器用来为所述加药容器准确地添加药剂，所述药剂注射器的出药口通过加药管与所述加药容器连通。通过自动冲洗的多次运行，解决了手动采样可能将着生藻残留、破坏等造成的生物量损失等问题，震动部实现了自动化采样，提高了着生藻定量的精确性。