本发明实施例提供一种对准系统及光刻机，对准系统包括：对准光束产生单元，用于产生对准光束；偏振分光单元，位于对准光束产生单元的出射光路上，用于将对准光束分为偏振方向相互垂直且传播方向不同的第一光束和第二光束；对准标记成像单元，位于第一光束的传播路径上，对准标记成像单元包括对准标记；对准标记成像单元用于将投射至对准标记上的第一光束转化为第一衍射光束，并将第一衍射光束投射至偏振分光单元；参考标记成像单元，位于第二光束的传播路径上，参考标记成像单元包括空间光调制器，空间光调制器形成有周期性结构；干涉信息探测单元。本发明实施例提供一种对准系统及光刻机，以实现兼容不同的对准标记，降低对准系统的成本。