本发明公开了一种针对大口黑鲈虹彩病毒感染细胞的核酸适配体及其应用，所述核酸适配体的核苷酸序列为5’‑GCCCGAGCACGCAGATCTTGCGCATAAAGCTTACGACCTCTTGTTACGTTGCCTTCA‑3’(SEQ ID NO：1)或5’‑GACGCTTACTCAGGTGTGACTCGGCCCGAGCACGCAGATCTTGCGCATAAAGCTTACGACCTCTTGTTACGTTGCCTTCACGAAGGACGCAGATGAAGTCTC‑3’(SEQ ID NO：2)。本发明的核酸适配体对大口黑鲈虹彩病毒感染的细胞具有特异性和高灵敏度，且无免疫原性。该核酸适配体结构稳定、易修饰，便于合成和保存，可对大口黑鲈虹彩病毒感染的细胞进行快速准确的检测。