本发明提供一种评价生物滤池反冲洗效果的方法，涉及饮用水处理领域。该方法包括：分别采集生物滤池反冲洗前以及反冲洗后不同恢复时间的滤料样品；提取滤料样品中微生物的DNA并进行基因测序，获得基因测序数据；对基因测序数据进行处理，计算每个滤料样品中微生物的物种丰度，获得物种丰度数据集；以物种丰度数据集作为响应变量，以是否进行反冲洗处理作为解释变量，以反冲洗后的恢复时间作为协变量，建立主响应曲线PRC模型，提取反冲洗后不同恢复时间的典范系数，作为评价生物滤池反冲洗效果的指标。典范系数能对微生物群落结构的恢复程度进行定量评价，用来在微生物层面上表征反冲洗的效果，具有操作方便快捷、准确度高的优点。