本发明公开一种裂缝充填II型水合物饱和度估算方法及处理终端，所述方法包括：步骤1：给定一组含水饱和度、含水合物饱和度和含气饱和度下，按对应公式计算出地层电阻率；步骤2：在给定一组含水饱和度、含水合物饱和度和含气饱和度下，考虑裂缝以及裂缝扰动因素，计算出纵波速度和横波速度；步骤3：预设不同数值的多组含水饱和度、含水合物饱和度和含气饱和度下，根据步骤1和步骤2计算得到对应的地层电阻率、纵波速度和横波速度，并代入对应方程组进行验证和迭代求解，将满足或最接近满足方程组中含水合物饱和度作为水合物饱和度，从完成水合物饱和度估算。本发明在多参数联合约束作用下，完成水合物、气体与裂缝共存的水合物饱和度估算。