本发明公开一种堆芯在线保护方法，包括：步骤S1，获取现场实测数据以及预设的固定数据；步骤S2，根据所述现场实测数据和固定数据，计算获得局部参数数据；步骤S3，根据所述局部参数数据，计算得到堆芯各通道最小的偏离泡核沸腾比；步骤S4，在堆芯各通道最小的偏离泡核沸腾比中，选择第二小的偏离泡核沸腾比与预设的停堆保护定值进行比较，当第二小的偏离泡核沸腾比低于或等于所述预设的停堆保护定值时，触发紧急停堆信号。本发明通过在单通道基础上进行DNBR的修正计算，具备堆芯在线保护功能实时计算DNBR的要求；通过局部流速和焓值的修正，使DNBR计算结果接近子通道结果，相比单通道计算更加现实准确，提高了电厂的经济性。