本发明公开了一种用于确定水光互补系统的高频切机方案的方法及系统，包括：根据预设的备切机组的切机选取规则，确定不同类型的备切机组的切除优先级；确定满足水光互补系统频率稳定需求和不同类型机组频率波动耐受能力的约束条件，构建目标函数；确定最严重工况下系统的最大功率盈余量为总切机需求量，并根据所述总切机需求量、约束条件和目标函数获取不同类型的备切机组对应的总切机容量；确定功率盈余差额，并根据总切机需求量和功率盈余差额确定高频切机轮次；根据所述高频切机轮次、预设的切机用启动频率、总切机容量、总切机需求量和预设的切机延时确定高频切机方案。