本发明公开一种基于选权迭代整体最小二乘的HPLC信道估计方法，该方法包括：在每次执行迭代计算时，先使用整体最小二乘算法求解出导频点处的信道冲击响应，根据求解出的信道冲击响应计算信道冲击响应的残差，根据信道冲击响应的残差确定出对应的权重，再根据当前迭代确定出的信道冲击响应的残差的权重计算下一次迭代的信道冲击响应，重复迭代直至前后两次迭代的信道冲击响应之间的差值小于预设阈值，得到最终估计的信道冲击响应值输出。本发明具有实现方法简单、估计精度以及效率高、抗粗差抗干扰能力强等优点。