本发明提供一种与可再生能源自洽的高效、低成本质子交换膜电解水制氢控制方法及控制系统，针对低铱或不含铱元素析氧催化剂的特点，在低铱或不含铱元素析氧催化剂的PEM电解单元的实际运行过程中控制输入电压，设定电压上限使输入电压低于阳极低铱或不含铱元素析氧催化剂的氧化溶解电位，即可以保证低铱或不含铱元素析氧催化剂的稳定的电压，以保障低铱或不含铱元素析氧催化剂不会过度氧化和溶解会使得催化剂快速失活，所以使用低铱或不含铱元素析氧催化剂应对低波动平稳运行的电源响应，使用高铱含量的析氧催化剂能够有效降低电解系统成本，提升电解单元综合能量转化效率。