本发明公开了小电阻接地系统高阻接地故障检测方法、系统及存储介质，通过采集需检测的小电阻接地系统的中性点电阻电流，判断中性点电阻电流是否大于预设的整定值，并延时持续预设的时长；若中性点电阻电流大于预设的整定值且延时持续预设的时长，计算中性点电阻电流的第一偏度系数；判断第一偏度系数是否在预设的第一故障区间内，若在第一故障区间，则判断小电阻接地系统发生高阻接地故障，并根据馈线零序电流的绝对值的半工频周波偏度系数进行故障选线。相比现有技术，本发明利用中性点电阻电流的偏度系数特征进行高阻接地故障识别，能有效提高高阻接地故障识别的抗噪能力，提高高阻接地故障选线的准确性。