本发明公开了一种差动保护的采样同步控制系统及方法，属于电力系统继电保护技术领域，包括：包括部署在电网端各节点的差动保护装置，差动保护装置包括线路差动保护模块、外部授时模块和通讯模块，线路差动保护模块输出端与通讯模块连接、输入端与外部授时模块连接，其中：线路差动保护模块用于采集所在节点的电气信息、进行逻辑运算以及控制断路器跳合闸；外部授时模块用于完成所在节点的授时；通讯模块用于按照设定频度向其他节点发送数据报文。本发明实现差动保护的采样同步能够跟随交流系统实时频率进行整数倍倍频采样同步控制，计算小负载轻，对硬件性能要求较低。