本发明涉及水光互补能源基地电力系统技术领域，尤其涉及一种水光互补能源基地低频振荡抑制方法，该方法包括以下步骤：获取基地送出系统中联络线的功率P(t)；对获取的功率P(t)进行低通滤波处理，得到中间量引入窗函数w(t‑τ0)对分段使用短时傅里叶变换进行频谱分析；选择中间频率f对频谱分析后的信号s(ω,t)进行分类，将其中高频信号部分SH输入到光伏电站的附加阻尼控制器中，低频信号部分SL输入到水轮机调速器侧电力系统稳定器中。本发明利用光伏发电的输出功率快速调整能力参与快速的低频振荡调节，水电机组参与慢速的低频振荡调节，两者协同作用，消除水锤效应对电力系统的影响，有效的增强了水光互补电力系统的稳定性。