本发明公开了一种变电站对时校验系统及对时消缺方法。为了克服现有技术无法解决多接口种类和多连接线样式带来的对时消缺困难的问题；本发明系统包括依次通信连接的卫星、时钟源、交换机和若干的二次设备；所述的二次设备的接口处设置有通用拓展转换端口，二次设备通过通用拓展转换端口分别与交换机和其他相邻的二次设备连接。方法包括：变电站二次设备获取卫星时间，进行时间同步；依次分析时间同步过程的各个环节，判断对时故障位置，进行对时故障消缺；二次设备之间交互时间同步消息，进行对时校验。使用通用拓展转换端口，在二次设备连接交换机的同时连接其他二次设备进行校验，充分利用多接口种类。