本发明公开了一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记及其应用，包括分子标记SNP1和分子标记SNP2；所述分子标记SNP1位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起的第1919位，该处碱基为T或C；所述分子标记SNP2位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起的第4784位，该处碱基为T或C。本发明公开的SNP位点与低氧胁迫下鳜鱼存活率显著相关，该SNP 1919位TT基因型和4784位TC基因型的个体耐低氧能力显著强于基因型为TC和TT的个体，可以进行分子标记辅助育种，不受鳜鱼的年龄、性别等限制，可用于鳜鱼的早期选育，显著促进鳜鱼的育种进程和运输中低氧条件下的存活率，且方法准确可靠，操作简便。