本发明涉及生态清淤工程清淤深度和工程量的确定方法，包括：在目标水域的预设生态清淤范围内设置采样点并进行底泥调查；综合考量下确定各方面控制值；根据所有采样点的底泥污染物分层总体分布特征，以及各采样点的底泥总氮含量、总磷含量、重金属潜在生态风险指数垂直分布特征，确定各采样点所在区域的清淤深度；根据清淤深度，结合清淤面积计算得出清淤工程量。本发明综合考虑目标水域的底泥污染特征等因素，科学准确地确定清淤深度和工程量，避免清淤深度过小或过大，利于实现良好的生态清淤效果。